Główną strukturę organizacyjną Urzędu tworzą następujące komórki organizacyjne:
1) Centrum Aktywizacji Zawodowej - CAZ;
2) Wydział Finansowy - WF;
3) Filia Urzędu w Krakowie - FKO;
4) Filia Urzędu w Krzeszowicach - FK;
5) Filia Urzędu w Skawinie - FSK;
6) Filia Urzędu w Słomnikach - FSŁ;
7) Dział Obsługi Klienta - DOK;
8) Dział Współpracy i Rozwoju Zasobów - WZ;
9) Dział Prawny, Organizacji i Windykacji - OP;
10) Dział Ewidencji i Zatrudnienia Cudzoziemców - CU;
11) Dział Realizacji Projektów - KP;
12) Dział Logistyki i Nadzoru Środków Publicznych - AN;
13) Biuro Promocji, Strategii i Monitoringu - BP;
14) Radca prawny - RP;
15) Inspektor Ochrony Danych - IOD;
16) Samodzielne stanowisko ds. koordynacji świadczeń - EŚ.